Фонема и морфема рассматриваются как основные языковые атомы.

       Научное изучение языка предполагает выделение лингвистических абстракций. Такими абстракциями явились мельчайшие языковые единицы двух типов: фонемы и морфемы. Основное различие в том, что фонемы не обладают значением, тогда как морфемы имеют минимальное, далее неделимое значение.

       Именно Бодуэн де Куртенэ ввел в науку понятие фонемы. Фонему ученый понимал как минимальную психическую единицу, психический эквивалент звука, который возникает в душе путем психического слияния впечатлений, полученных от произношения одного и того же звука. Морфему ученый определял как «часть слова, обладающую самостоятельной психической жизнью и далее неделимая с этой точки зрения».

Статика и динамика.

       Как и большинство лингвистов XIX в., представители Казанской школы подчеркивали важность исторического рассмотрения языка, считая, что статика языка есть только частный случай его динамики. Динамическая природа языка в их работах рассматривалась с точки зрения причин и характера изменения языка.

       В статье «Об общих причинах языковых изменений» (1890) эти причины Бодуэн де Куртенэ делит на бессознательные  и сознательные. К бессознательным относится прежде всего стремление к удобству, к экономии работы различных органов. В результате такой экономии упрощаются сложные сочетания звуков, исчезают лишние звуки. Кроме того, для облегчения отвлеченного движения мысли происходит бессознательное обобщение понятий: слова становятся символами; сюда же можно отнести и метафору, которая облегчает запоминание слова на основе сходства предметов или понятий. Эти изменения языка постоянны и вечны, потому что причины их вызывающие (стремление к упрощению) – постоянны и вечны. Под сознательными причинами языковых изменений Бодуэн де Куртенэ понимал влияние отдельных индивидуумов на язык, что происходит преимущественно через литературу (т.е. через письменную культуру).

       Занимаясь проблемой изменения языка, Бодуэн де Куртенэ утверждал, что нет и не может быть ни одного чистого, несмешанного языкового целого. Народы и племена жили или живут вперемешку, что и предопределяет смешение языков. Кроме того, смешению языков способствуют военные походы, торговля, научный обмен. Это так называемое географическое смешение языков. Но скрещивание и смешение языков также происходит в порядке хронологическом. Так, например, церковнославянский язык, сохраняющийся как язык богослужений, в свое время оказал известное влияние на русский язык; сам же церковнославянский язык подвергается влиянию со стороны русского разговорного языка.

       Влияние смешения языков проявляется в двух направлениях: с одной стороны в данный язык из чужого языка проникают несвойственные ему элементы (лексемы, синтаксические конструкции), с другой – упрощаются формы, теряются флексивные склонения, одни формы уподобляются другим по аналогии. При столкновении и взаимном влиянии двух языков, смешивающихся естественным образом, победа останется за тем языком, в котором больше простоты и определенности. Автор приводит в пример англизацию языков поляков, чехов и других славян, переселившихся в Америку.