Квантово-химический расчет молекулы дипептида Ala-Gly

Цель работы:

Расчет молекулярных характеристик дипептидаAla-Gly полуэмпирическим методом MNDO.

Дипептид: Ala-Gly

Конформация: Alpha      Изомеры: L

Торсионный угол w- 180^о (транс-конфигурация пептидной связи)

Спиновая мультиплетность: 1  Спиновое ограничение: RHF

Построение дипептидов с помощью средств программы HyperChem:

1. Чтобы построить дипептид необходимо зайти в меню "Database"и выбрать подменю "Aminoacids". В открывшемся окне надо выбрать сначала конформацию пептида ("Conformation"-Alpha) и изомерную форму ("Isomer"-L) для аминокислоты, значение w- 180^о.

2. Затем выбрать необходимую аминокислоту, при этом на экране программы будет выстроена молекула данной кислоты. При выборе второй аминокислоты она автоматически выстроит дипептид. После можно закрыть окно.

3. Скорректировать геометрию молекулы с помощью опции "Modelbuild" из пункта главного меню "Build" перед этим выбрать в этом же меню пункт "Addhydrogens";

ОФОРМЛЕНИЕ ОТЧЕТА О ЛАБОРАТОРНОЙ РАБОТЕ:

       В отчете необходимо отразить полное название расчетной работы. Отчет о лабораторной работе должен содержать:

- исходную информацию о выполняемом расчете (молекула, расчетный метод, тип спинового ограничения);

- суммарный дипольный момент молекулы.

- полученное в результате расчета значение длин всех C=O связей, а также пептидной связи (вÅ);

- полученные в результате расчета значения диэдральных углов j и y, а также диэдрального угла w для пептидной связи (в градусах);

-контурные диаграммы ВЗМО, НСМО и их энергии.